可这个提议很快就被其他大臣否决了，大家都知道，“三王并封”只是郑贵妃和王锡爵的缓兵之计，目的就是为了拖延立朱常洛为太子的时间。最终，王锡爵因为这件事，受到了大臣们的弹劾，只好辞职回家。
郑贵妃见拉拢大臣不成，就想办法打压那些支持朱常洛的大臣。有一次，御史钱一本因为上奏要求立朱常洛为太子，触怒了万历皇帝，被万历皇帝贬为庶民。郑贵妃知道后，还在万历皇帝面前说：“皇上，您早就该这么做了，这些大臣就是不识好歹，整天就知道跟您作对。”
可郑贵妃的这些手段，不仅没有让大臣们退缩，反而让更多的大臣站出来支持朱常洛。大家都觉得，郑贵妃是在“祸乱朝纲”，要是让她的儿子成为太子，将来明朝肯定会陷入混乱。
虽然“国本之争”闹得沸沸扬扬，但万历皇帝对郑贵妃的宠爱却丝毫没有减少。相反，他还因为大臣们反对郑贵妃，而更加心疼郑贵妃，对她更加纵容。
万历十五年（1587年），万历皇帝下旨，册封郑贵妃为“皇贵妃”，地位仅次于王皇后。要知道，当时朱常洛的母亲王恭妃，还只是个普通的妃子，万历皇帝这么做，明显是在抬高郑贵妃的地位，给大臣们“示威”。
郑贵妃成为皇贵妃后，权力也越来越大。万历皇帝不仅把后宫的大部分事务都交给她打理，还经常把国库的银子拨给她，让她随意使用。据《明史》记载，万历皇帝每年给郑贵妃的“脂粉钱”就有几十万两，相当于当时明朝半年的国库收入。郑贵妃用这些钱，给自己修建了豪华的宫殿，还买了很多奇珍异宝，生活过得比王皇后还要奢华。
有一次，郑贵妃想在自己的宫殿里修建一座假山，需要花费几十万两银子。万历皇帝二话不说，就从国库中拨了银子给她。大臣们得知后，纷纷上奏反对，说：“如今边境战事不断，百姓生活困苦，国库空虚，皇上怎么能把这么多银子花在修建假山上呢？”可万历皇帝根本不听，还说：“朕给爱妃修座假山，关你们什么事？”
郑贵妃不仅生活奢华，还特别会“讨万历皇帝的欢心”。她知道万历皇帝喜欢书法，就天天陪着万历皇帝练字，还特意让工匠打造了一套珍贵的文房四宝送给万历皇帝；她知道万历皇帝喜欢听戏，就亲自挑选了一批优秀的戏子，在宫里为万历皇帝表演；甚至连万历皇帝的饮食起居，她都亲自打理，每天都要亲自给万历皇帝端茶送水、铺床叠被。
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万历皇帝被郑贵妃照顾得无微不至，对她更加依赖。当时，万历皇帝因为跟大臣们在“国本之争”上闹得不愉快，开始变得消极怠政，经常不上朝。他把朝政扔给大臣们，自己则躲在后宫里，跟郑贵妃一起享乐。据史料记载，万历皇帝最多的时候，竟然有二十多年不上朝，这在明朝历史上是绝无仅有的。
可郑贵妃的荣宠，也给她带来了很多麻烦。除了“国本之争”，她还被卷入了好几起宫廷风波中，其中最着名的就是“妖书案”和“梃击案”。
万历二十六年（1598年），京城突然出现了一本匿名的小册子，名叫《忧危竑议》。这本书里说，郑贵妃想要谋害朱常洛，让自己的儿子朱常洵成为太子，还说郑贵妃已经跟一些大臣勾结好了，准备在合适的时候发动政变。这本书一出现，立刻在京城引起了轩然大波，大臣们纷纷上奏，要求万历皇帝彻查此事，严惩幕后黑手。
万历皇帝知道后，又气又怕。他知道这本书是针对郑贵妃的，要是真的彻查，肯定会把郑贵妃牵扯进来。于是，他找了个借口，说这本书是“妖言惑众”，下令禁止传播，然后就不了了之了。可这件事还是给郑贵妃带来了很大的负面影响，大家都觉得，这本书里说的是真的，郑贵妃就是个“祸国妖妃”。
万历四十三年（1615年），又发生了一起震惊朝野的“梃击案”。这一天，一个名叫张差的男子，手里拿着一根木棍，竟然闯入了朱常洛居住的慈庆宫，还打伤了好几个太监。幸好当时侍卫及时赶到，把张差抓住了，朱常洛才没有受伤。
这件事发生后，大臣们纷纷猜测，张差肯定是受人指使的，而背后的指使人，很可能就是郑贵妃。因为大家都知道，郑贵妃一直想除掉朱常洛，让自己的儿子成为太子。于是，大臣们再次上奏，要求万历皇帝彻查此事，还朱常洛一个公道。
万历皇帝没办法，只好下令彻查。在审讯中，张差供认，自己是受了郑贵妃身边的太监庞保、刘成的指使，来谋害朱常洛的。这个结果出来后，整个朝廷都炸了锅，大臣们纷纷要求万历皇帝处死郑贵妃和庞保、刘成。
郑贵妃得知后，吓得魂飞魄散。她赶紧跑到万历皇帝面前，跪在地上哭着说：“皇上，臣妾真的不知道这件事啊，肯定是有人陷害臣妾，您一定要为臣妾做主啊！”万历皇帝看着哭得梨花带雨的郑贵妃，心里又心疼又为难。他知道，要是真的处死郑贵妃，自己肯定会舍不得；可要是不处理，又没法向大臣们和朱常洛交代。
最后，万历皇帝想了个“折中”的办法。他让郑贵妃亲自去给朱常洛道歉，然后下令处死了张差、庞保和刘成，对外宣称这件事只是张差一个人的“疯癫行为”，跟郑贵妃没关系，就这样把这件事糊弄过去了。
可“梃击案”虽然平息了，但郑贵妃的名声却彻底坏了。大家都觉得，郑贵妃就是个心狠手辣的女人，为了让自己的儿子成为太子，竟然不惜痛下杀手。从那以后，越来越多的人开始反对郑贵妃，她在朝廷中的支持率也越来越低。
万历四十三年（1615年）“梃击案”之后，万历皇帝也意识到，“废长立幼”已经不可能了。因为大臣们的反对太强烈了，而且朱常洛的地位也越来越稳固，要是再坚持“废长立幼”，很可能会引起更大的混乱。于是，万历皇帝终于下定决心，立朱常洛为太子。
万历四十八年（1620年），万历皇帝病重。在临终前，他还念念不忘郑贵妃，特意下旨，封郑贵妃为皇后，让她在自己死后，能够跟自己合葬。可这个旨意刚下，就遭到了大臣们的强烈反对。大臣们说，郑贵妃出身不高，而且还曾经参与过“国本之争”和“梃击案”，没有资格成为皇后。万历皇帝没办法，只好在临终前撤销了这个旨意。